La formation doctorale du département de philosophie est assurée :
- jusqu’au 31 décembre 2016 par l’École doctorale Langages, Espaces, Temps, Sociétés (LETS) de l’Université de Franche-Comté,
- à compter du 1er janvier 2017, par l’École doctorale Sociétés, Espaces, Pratiques, Temps (SEPT) de l’Université de Bourgogne Franche-Comté.